В статье анализируются особенности и проблемы управления реализацией индивидуальных программ социально-экономического развития (далее – ИПР) – специального инструмента региональной политики, разработанного на период 2020–2024 гг. для 10 наименее развитых субъектов Российской Федерации. Исследование основывается (1) на сведениях нормативно-правовых актов, регламентирующих реализацию программ; (2) на материалах отчетов об их исполнении; (3) на оценках органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации и других заинтересованных в реализации ИПР сторон, полученных из интервью в двух регионах, где реализуются программы; (4) на результатах публичных мероприятий с федеральными и региональными органами власти; (5) на ответах ведомств на официальные запросы информации.Результаты исследования показали, что сложившаяся система управления ИПР излишне усложнена и работает недостаточно эффективно, препятствуя реализации потенциально значимых для регионов проектов и мероприятий. Установлено, что порядок формирования программ на начальном этапе был нарушен, что в дальнейшем привело к их неоднократным корректировкам и путанице в сроках, финансировании и понимании хода реализации мероприятий. Выявлено, что в регионах сложились различные схемы управления реализацией индивидуальных программ, усложняемые включением министерств-кураторов и нескольких главных распорядителей бюджетных средств. Отмечена общая низкая эффективность реализации нефинансовых мероприятий, но значимая роль ряда из них как средства влияния на решения федеральных органов власти и инструмента запуска более крупных проектов. На основе полученных выводов авторами предложены рекомендации по улучшению системы управления ИПР на следующий пятилетний период.