В статье представлены результаты исследования динамики утверждения региональных программ, их правового статуса, использования методов оперативного управления, финансирования программ и координации их применения со стратегическими документами. Показано, что программы социально-экономического развития становятся все более востребованным инструментом управления регионами. Выделена тенденция увеличения числа интегрированных систем среднесрочного и стратегического планирования в последние годы. Обосновано, что большинство программ, применявшихся в 1999 – 2008 гг., содержат как программные, так и индикативные элементы.