Модернизация и технологическое развитие экономики региона, ее переход наинновационный путь развития требуют не только повышения эффективностииспользования доступных ресурсов, создания потенциала и условий для инновационного развития, но и предполагают серьезные организационные и структурныеизменения в деятельности региональных органов государственной власти, отвечающих за реализацию региональной экономической политики. Структура регионального экономического ведомства в этих условиях должнастроиться не в соответствии с хозяйственной структурой экономики региона (отраслевой подход), а исходя из структуры генерируемых доходов (проектный подход).В статье подробно рассмотрены направления совершенствования структуры региональной экономической политики в новых условиях, преобразования ее целей, задач и функций, влекущих за собой изменение подходов, методов работы иструктурной организации регионального экономического ведомства, отвечающегоза успешность ее реализации (на примере Республики Карелия).