Статья посвящена актуальным вопросам развития программного метода управления кооперационными процессами в СНГ. В статье представлен обзор мирового опыта разработки межгосударственных программ, предложены критерии их классификации,рассмотрены существующие механизмы разработки и реализации межгосударственных программ СНГ (далее – МП СНГ). Цель статьи – раскрытие недостатков и обоснование предложений по совершенствованию порядка разработки и реализации МП СНГ. Основной вывод: действующий порядок тормозит развитие интеграционных процессов на пространстве СНГ и нуждается в существенной переработке. Статья подготовлена на основе изысканий НИУ ВШЭ в рамках разработки «Межгосударственной программы инновационного сотрудничества государств–участников СНГ на период до 2020 года», принятой Советом глав правительств 18 октября 2011 г.