На фоне общего и последовательного развития системы управления качеством в здравоохранении РФ, ведомственный контроль качества и безопасности медицинской деятельности (далее – ведомственный контроль) остается одной из наименее изученных с  научной, организационной и  правовой точки зрения форм контроля. Выдвинута гипотеза, что на  территории субъектов РФ  в  настоящий момент не  сформирована целостная система ведомственного контроля. Цель исследования  – определить проблемные моменты формирования системы ведомственного контроля качества и  безопасности медицинской деятельности на  территории субъекта РФ и дать научно обоснованные предложения по ее организационному совершенствованию. Для этого на основании контент-анализа нормативных правовых актов и  данных открытых источников, а  также сравнительного анализа показателей деятельности федеральных (ФОИВ) и  региональных органов (РОИВ) исполнительной власти были выявлены особенности распределения и  реализации полномочий по  ведомственному контролю на  территории Челябинской области. По методике оценки критериев тяжести потенциальных негативных последствий возможного несоблюдения медицинскими организациями обязательных требований, разработанной Росздравнадзором, определена степень необходимости ведомственного контроля для всех ФОИВ и РОИВ Челябинской области. В результате установлено, что на территории субъектов РФ пока не сформирована целостная система ведомственного контроля качества: частью ФОИВ и  РОИВ ведомственный контроль не осуществляется или осуществляется с недостаточной эффективностью. Сделан вывод о том, что для завершения формирования системы ведомственного контроля требуется ее  переориентация с  внешних воздействий (обращения, жалобы, поручения и  запросы) на  внутренние потребности органов исполнительной власти, разработка единых целевых показателей деятельности ведомственных медицинских организаций, адекватный расчет нагрузки на должностных лиц при осуществлении ведомственного контроля, перераспределение региональных медицинских организаций по подведомственности и, в ряде субъектов, передача муниципальных учреждений здравоохранения в государственное подчинение.